Quarto
1 Introducción
1.1 ¿Qué es Quarto?
Quarto es un sistema de publicación que se integra con R, Python, Julia y otros lenguajes populares en análisis de datos, para estructurar documentos elegantemente formateados, con los resultados —tanto gráficos como de texto—, el código que los genera y los comentarios e interpretaciones redactados por el usuario.
¿¡Sistema de publicación!?
El término publicación puede generar un poco de confusión, por su asociación inmediata con la publicación de un artículo o de un libro.
Y sí; también tiene que ver con esto. Quarto facilita estructurar un documento para la publicación de un artículo o un libro, ya sea en formato digital o impreso.
Pero el uso de Quarto no está restringido a este ámbito. Publicación se entiende en el sentido amplio de generar un documento limpio, legible y adecuadamente formateado, que bien puede compartirse con un público amplio o puede usarse para organizar el trabajo personal.
En tal sentido, no solamente están los libros y los artículos, sino cualquier tipo de informe, manual, catálogo, agenda, presentación, sito web…
Este sistema de publicación, basado en el lenguaje Markdown1, puede usarse desde RStudio2, y es particularmente útil para organizar los análisis realizados en R, Python, Julia y Observable JS.
El proceso de publicación involucra dos archivos: un archivo fuente y un documento de salida. Los formatos más populares para los documentos de salida son html, pdf y Word. Por su parte, el documento fuente de Quarto es un archivo de texto plano con extensión qmd, lo que lo hace identificable y procesable por RStudio. La figura 1.1 ilustra este concepto.
Libros y otros documentos
Quarto permite construir desde pequeños documentos hasta libros. La diferencia más evidente entre los libros y los demás documentos es que los libros están estructurados en capítulos, cada uno de los cuales exige un archivo fuente y genera un archivo de salida. Para los demás documentos se utiliza un único archivo fuente, que genera un único archivo de salida.
Inicialmente se considera el caso más sencillo, es decir, el de los documentos que no son libros, para presentar las generalidades de Quarto, las cuales en su mayoría aplican a cualquier tipo de documento.
En el capítulo 5 se desarrolla lo concerniente a los libros.
1.2 Formatos de Salida
La manera en la que se visualizan los diferentes elementos en el documento de salida (fragmentos de código, resultados, texto, tablas, ecuaciones…) depende del tipo de documento (html, pdf o Word).
El código aparece en una fuente diferenciada de la del texto ordinario, dentro de una caja con fondo gris.
Los resultados que se generan al ejecutar el código se muestran en la misma fuente que el código (pero diferente de la del texto ordinario). En los documentos Word, los resultados aparecen dentro de la misma caja que contiene el código que genera los resultados, quedando, por tanto, con fondo gris. En documentos html y pdf quedan por fuera de la caja que contiene el código y no tienen ningún tipo de resaltado.
Cuando el resultado conste de múltiples elementos, aparecerán los marcadores de posición del primer elemento de la fila, de la misma manera en que aparecen en la consola de RStudio (cf. R paso a paso: Resultados en consola).
El texto aparece como tal, incluyendo las especificaciones de formato que se hubieran elegido para el mismo.
Cada uno de los principales formatos de salida tiene sus ventajas y especificidades:
1.2.1 Documentos html
El formato html es el más ventajoso para el lector final, por las posibilidades que le ofrece; muy particularmente, cuando se aplica a contenidos de gran extensión —como el de los libros— que estén divididos en capítulos y secciones:
- Pueden visualizarse en cualquier navegador de internet.
- Los paneles de navegación facilitan moverse fluidamente a través de los diferentes temas.
- El contenido se adapta al tamaño del dispositivo de lectura, brindando una lectura cómoda incluso desde un teléfono móvil3.
- Dependiendo del espacio disponible en el dispositivo de lectura, los paneles de navegación se muestran o se ocultan. Cuando la lectura se realiza desde un teléfono móvil, este comportamiento se adaptan al giro de la pantalla.
- Todos los vínculos externos son funcionales, dirigiendo a los recursos citados: sitios web, instaladores, libros en línea…
- Todos los vínculos internos también son funcionales, facilitando moverse rápidamente a alguna otra sección o recurso (tablas, figuras, ecuaciones, ejemplos, llamados…) dentro del mismo libro y regresar al sitio de origen.
- Cuando se pasa el mouse por encima de los vínculos internos aparece una previsualización, lo que en muchas ocasiones es suficiente para saber a qué se está haciendo referencia, sin necesidad de ir al recurso en cuestión.
- Puesto que no hay cortes de página, las figuras y tablas pueden incluirse justo después de citarlas.
- Igualmente, por no haber cortes de página, las tablas se muestra completas y los bloques de código se muestran de manera compacta.
- Al no haber páginas físicas, las denominadas ‘notas de pie de página’ ya no aparecen al ‘pie de la página’, sino que se despliegan al pasar el ratón por encima. También puede irse a la nota4, haciendo clic sobre el correspondiente identificador numérico y regresar al punto de origen, haciendo clic sobre el ícono
.
- Cuando se trate de un libro que incluya código R (no es obligatorio que sea así), es fácil copiarlo y llevarlo a R para realizar la correspondiente verificación y/o adaptación.
- Pueden disponerse vínculos para descargar material complementario: bases de datos, scripts, paquetes, figuras…
- Ofrece la opción de colapsabilid para los llamados (cf. sección 3.2.4).
- Admite la inclusión de pestañas (cf. sección 3.9).
- Cuando el libro se encuentra en algún repositorio, v. gr. Quarto Pub, es probable que su autor realice constantes actualizaciones, con lo cual los lectores tendrán la certeza de estar accediendo siempre a la versión más reciente.
- Permite la inclusión de objetos interactivos.
¿¡Objetos interactivos!?
¡Use el puntero para interactuar con el siguiente gráfico!
1.2.2 Documentos pdf
Son los más adecuados cuando su destino final es un soporte físico. Este formato considera las restricciones que impone la impresión en páginas de un tamaño definido, dando lugar a resultados bastante estéticos. Internamente, el proceso de generación del documento pdf se da a partir de un documento intermedio LaTeX.
Este sería el formato ideal para someter una propuesta a una revista cuyos artículos se impriman en formato físico.
1.2.3 Documentos Word
Este es el formato ideal para compartir documentos que deben someterse a procesos de edición y revisión por parte de otros usuarios, sin que estos tengan que entenderse con ninguna herramienta ‘esotérica’.
Para ello, puede usarse el modo de control de cambios de Word sobre el documento resultante, o puede subirse a alguna plataforma (Google Docs o Microsoft Word on Line) para realizar trabajo colaborativo.
¡Y eso no es todo!
Aunque este libro está dedicado a los documentos, Quarto también permite generar salidas de otros tipos, como presentaciones, sitios web u objetos interactivos.
1.3 Antes de iniciar
Llegado a este punto, usted probablemente estará ansioso por empezar a explorar Quarto. No obstante, antes de que lo haga, vale la pena que tenga en cuenta un par de recomendaciones:
¡No hay que instalar nada!
Para usar Quarto desde RStudio —que es lo recomendado—, basta con tener instalado el paquete rmarkdown y, desde luego, los paquetes con los que vaya a trabajar en su análisis particular, pero no hace falta instalar ningún otro paquete relacionado con Quarto.
Precaución 1.1: ¿Modo visual? ¡Mejor respalde la información!
Aunque en este libro no se hace referencia al modo visual, muy probablemente este se descubrirá en algún momento.
El modo visual contiene una serie de herramientas que agilizan el proceso de edición y hasta ayudan a descubrir nuevas funcionalidades.
El paso entre el modo visual y el modo fuente suele ser fluido. No obstante, en ocasiones da lugar a que el documento se desconfigure. Esto es particularmente notorio en documentos que contienen cajas de llamado (cf. sección 3.2) y tablas en código html.
Antes de ensayar el modo visual —si decide hacerlo— guarde una copia de su archivo fuente.
Información de referencia
Si usted es de los que prefiere beber directamente de la fuente, puede visitar la página de la aplicación https://quarto.org/. Allí se recomienda empezar por el inicio: Get Started. Recuerde que no tiene que instalar nada. A continuación pude pasar a la guía Guide, donde encontrará mayores detalles sobre las diferentes funcionalidades de Quarto.
Sobre el autor
Guillermo Correa Londoño es un Ingeniero Forestal que obtuvo su título de Maestría en Estadística en el Colegio de Postgraduados (Texcoco, México) y de doctorado en Estadística Multivariante Aplicada en la Universidad de Salamanca (Salamanca, España). Actualmente es Profesor Titular, adscrito al Departamento de Ciencias Agronómicas de la Facultad de Ciencias Agrarias de la Universidad Nacional de Colombia. Su ámbito de desempeño está relacionado principalmente con investigación aplicada en ciencias agrarias y biotecnología.
email: gcorrea@unal.edu.co
CvLAC
ORC
Otros textos del mismo autor
Índice de Condición Integral. Se desarrolla una metodología que desglosa los diferentes procesos involucrados en la construcción de un Índice de Condición Integral, que permite realizar valoraciones a partir de variables complejas en diversos ámbitos. La propuesta está acompañada de un paquete para R.
R paso a paso. Este manual introduce al neófito en el fascinante mundo de R y sus posibilidades, iniciando desde cero, hasta llevarlo a un punto en el que programe sus propias funciones personalizadas.
MEITools. Compendio de funciones personalizadas para R.
Licencia
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Quarto es la siguiente generación de R Markdown.↩︎
Aunque también es posible usar Quarto desde otras herramientas de edición como JupyterLab y Neovim, su integración óptima se da con RStudio. Quarto fue desarrollado por Posit, la casa matriz de RStudio.↩︎
Si aún no lo ha ensayado, lo invitamos a revisar el contenido de este libro desde su teléfono móvil.↩︎
Todas las notas aparecen al final del documento.↩︎