Realiza comparaciones contra la media general de los tratamientos, generando máximo tres grupos: tratamientos significativamente mayores, significativamente menores y los que no difieren de la media.
Uso
comp_gm(anova, tto =NULL, alpha =0.05)
Argumentos
anova
Análisis de varianza
tto
Tratamientos
alpha
Nivel de significancia (def. 0.05)
Detalles
El objeto anova debe ser de la clase aov o lm. Toda la información relevante sobre el modelo ajustado se extrae de este objeto.
En los modelos de análisis de varianza de una vía en DCA, es decir, aquellos en los que el único término de la parte derecha del modelo es el correspondiente a los tratamientos, no es necesario especificar el argumento tto. Sin embargo, en modelos que incluyan varios efectos, sean fijos o aleatorios (esquemas de aleatorización diferentes del DCA o estructuras factoriales de los tratamientos), sí es necesario indicar cuál es el factor de clasificación cuyas medias se han de comparar.
El argumento alpha, cuyo valor por defecto es 0.05 define el nivel de significancia con base en el cual se estructuran los grupos.
Inicialmente se realiza una comparación contra la media general, usando la función glht{multcomp} y se presenta el correspondiente resumen.
Seguidamente, se presenta una tabla resumen, con las medias de los tratamientos organizadas descendentemente y una de las siguientes etiquetas:
mayor: Si la media del tratamiento es significativamente mayor que la media general.
menor: Si la media del tratamiento es significativamente menor que la media general.
ns: Si la media del tratamiento no difiere significativamente de la media general.
Ejemplos
Ejemplo 1. DCA unifactorial
source("comp_gm.R")data <- readxl::read_excel("ejemplos.xlsx")data$tto <-factor(data$tto)anova <-aov(pH ~ tto, data = data)comp_gm(anova)
Simultaneous Tests for General Linear Hypotheses
Multiple Comparisons of Means: GrandMean Contrasts
Fit: aov(formula = pH ~ tto, data = data)
Linear Hypotheses:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
A - Media general == 0 0.35000 0.07906 4.427 0.00747 **
B - Media general == 0 -0.55000 0.07906 -6.957 < 0.001 ***
C - Media general == 0 0.05000 0.07906 0.632 0.90397
D - Media general == 0 0.15000 0.07906 1.897 0.26526
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
(Adjusted p values reported -- single-step method)
Comparaciones contra la media general (3.75)
Media Diferencia Grupo
A 4.1 0.35 mayor
D 3.9 0.15 ns
C 3.8 0.05 ns
B 3.2 -0.55 menor
---
Los grupos se estructuran con un nivel de significancia de 0.05
Simultaneous Tests for General Linear Hypotheses
Multiple Comparisons of Means: GrandMean Contrasts
Fit: aov(formula = Severidad ~ Bloque + Tto, data = data)
Linear Hypotheses:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
A - Media general == 0 0.7341 14.7779 0.050 1.00000
B - Media general == 0 2.0407 14.7779 0.138 1.00000
C - Media general == 0 5.8844 14.7779 0.398 1.00000
D - Media general == 0 1.5806 14.7779 0.107 1.00000
E - Media general == 0 -5.1623 14.7779 -0.349 1.00000
F - Media general == 0 -9.2906 14.7779 -0.629 1.00000
G - Media general == 0 22.5302 14.7779 1.525 0.93479
H - Media general == 0 -49.0172 14.7779 -3.317 0.03417 *
I - Media general == 0 -17.9321 14.7779 -1.213 0.99314
J - Media general == 0 25.9659 14.7779 1.757 0.81800
K - Media general == 0 -31.7325 14.7779 -2.147 0.51836
L - Media general == 0 -12.8140 14.7779 -0.867 0.99992
M - Media general == 0 3.0851 14.7779 0.209 1.00000
N - Media general == 0 -1.9447 14.7779 -0.132 1.00000
O - Media general == 0 4.7239 21.4090 0.221 1.00000
P - Media general == 0 -7.7045 14.7779 -0.521 1.00000
Q - Media general == 0 14.6648 14.7779 0.992 0.99946
R - Media general == 0 -20.8834 14.7779 -1.413 0.96660
S - Media general == 0 -4.7665 14.7779 -0.323 1.00000
T - Media general == 0 0.4344 21.4090 0.020 1.00000
U - Media general == 0 79.2331 21.4090 3.701 0.01077 *
V - Media general == 0 85.1331 21.4090 3.977 0.00443 **
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
(Adjusted p values reported -- single-step method)
Comparaciones contra la media general (51.51)
Media Diferencia Grupo
V 133.600000 85.1331333 mayor
U 127.700000 79.2331333 mayor
J 77.819048 25.9658754 ns
G 74.383325 22.5301531 ns
Q 66.517949 14.6647762 ns
C 57.737523 5.8843506 ns
O 53.190721 4.7238543 ns
M 54.938291 3.0851182 ns
B 53.893901 2.0407284 ns
D 53.433785 1.5806127 ns
A 52.587266 0.7340937 ns
T 48.901238 0.4343715 ns
N 49.908430 -1.9447423 ns
S 47.086625 -4.7665470 ns
E 46.690838 -5.1623348 ns
P 44.148635 -7.7045370 ns
F 42.562580 -9.2905920 ns
L 39.039191 -12.8139814 ns
I 33.921098 -17.9320741 ns
R 30.969732 -20.8834408 ns
K 20.120634 -31.7325378 ns
H 2.836005 -49.0171675 menor
---
Los grupos se estructuran con un nivel de significancia de 0.05